Menjadi Perdana Menteri Otoritas Palestina
Kedudukan Haniyeh dalam gerakan Palestina semakin meningkat pada 2006 ketika Hamas mencalonkan diri dalam pemilihan legislatif Palestina untuk pertama kalinya sejak didirikan. Secara mengejutkan, kelompok ini memenangkan suara terbanyak, memberikan pukulan telak bagi Fatah dan menjadikan Haniyeh sebagai perdana menteri Otoritas Palestina (PA).
Hasilnya membuat Amerika Serikat, yang telah menyerukan pemilihan umum, tidak siap.
Senator New York saat itu, Hillary Rodham Clinton, mengatakan dalam sebuah rekaman yang bocor setelah pemilu: "Saya rasa kita seharusnya tidak mendorong pemilu di wilayah Palestina. Saya pikir itu adalah sebuah kesalahan besar. Dan jika kita akan mendorong adanya pemilu, maka kita harus memastikan bahwa kita melakukan sesuatu untuk menentukan siapa yang akan menang."
Karena tidak senang dengan peran sentral Hamas dalam pemerintahan Palestina, pemerintah-pemerintah Barat menghentikan bantuan kepada Otoritas Palestina, sehingga membuat lembaga ini berada di bawah tekanan keuangan yang berat. AS dan banyak pemerintah Barat lainnya memandang Hamas sebagai organisasi "teroris".
Menjadi Kepala Biro Politik Hamas
Di tengah tekanan Barat dan meningkatnya ketegangan antara Hamas dan Fatah, Presiden Otoritas Palestina Mahmoud Abbas memecat Haniyeh dan membubarkan pemerintahannya. Hal ini menghasilkan pemerintahan independen yang dipimpin Hamas di Gaza pada 2007, yang dipimpin oleh Haniyeh.
Ketika Hamas mengambil alih pemerintahan, Israel, bekerja sama dengan negara tetangganya, Mesir, memberlakukan pengepungan terhadap daerah kantong tersebut, yang telah berlangsung selama 17 tahun.
"Pengepungan ini tidak boleh mematahkan keinginan kami dan tidak boleh mengubah konflik ini menjadi konflik internal Palestina, dan konflik itu harus melawan pihak-pihak yang memberlakukan pengepungan terhadap rakyat Palestina," kata Haniyeh dalam sebuah konferensi pers pada 2006.
Diangkat sebagai kepala biro politik Hamas pada 2017, menggantikan Khaled Meshal, Haniyeh memimpin diplomasi Hamas dari sejumlah lokasi, termasuk Turki dan ibu kota Qatar, Doha, menjadi negosiator dalam perundingan gencatan senjata atau terlibat dalam pembicaraan dengan Iran, yang merupakan pendukung utama kemerdekaan Palestina.
"Haniyeh adalah seorang tokoh politik dan seorang yang pragmatis," kata analis politik Palestina Nour Odeh kepada Al Jazeera. "Dia dikenal karena menjaga hubungan yang sangat positif dengan para pemimpin Palestina dari semua faksi."