Mahkamah Internasional menyatakan tidak dapat mengabulkan intervensi ini dengan pertimbangan bahwa Filipina tidak dapat membuktikan adanya kepentingan hukum (interest of legal nature) yang mungkin dapat berpengaruh atas keputusan Mahkamah dalam pokok perkara. Keputusan diambil dengan perbandingan suara 14 mendukung, 1 menolak.
Baik Indonesia maupun Malaysia menolak permohonan intervensi yang diminta Filipina. Permohonan intervensi itu sendiri telah dibahas Mahkamah dalam sidangnya tanggal 25-29 Juni 2001. Pemerintah Indonesia dalam pledoi yang disampaikan Kuasa Hukum (Agent) RI, Nur Hassan Wirajuda secara tegas menolak permohonan intervensi atas Filipina. Dasar pertimbangan penolakan tersebut karena permohonan intervensi itu disampaikan terlambat mengingat seluruh proses perkara telah memasuki babak akhir.
Selain itu, klaim atas Sabah yang dijadikan dasar intervensi Filipina secara yuridis tidak terkait langsung dengan pokok perkara pulau tersebut dan lebih merupakan masalah bilateral antara Filipina dan Malaysia. Pertimbangan lainnya adalah dengan adanya intervensi tersebut Pemerintah Indonesia menilai dapat memperlambat bahkan dapat memperumit proses penyelesaian perkara tersebut.
Pemerintah Malaysia selain mendukung pandangan Indonesia menyatakan bahwa Sultan Sulu tidak mempunyai hak untuk menyerahkan kedaulatan atas Sabah karena Kesultanan Sulu telah runtuh sebelum Filipina merdeka. Selain itu, Filipina dinilai tidak mempunyai kepentingan hukum dalam sengketa Sipadan-Ligitan.
Filipina menyampaikan intervensi tersebut dilakukan untuk melindungi hak-hak hukum dan historis yang timbul dari klaim Filipina terhadap wilayah Borneo Utara (Sabah). Atas dasar itu Filipina mengkhawatirkan bahwa keputusan itu MI dalam sengketa itu akan berdampak negatif terhadap tuntutannya atas wilayah Sabah. Menurut Filipina kedua pulau tidak pernah menjadi bagian dari kesultanan Sulu, karenanya tidak mungkin Malaysia mendasarkan tuntutan kedaulatannya atas kedua pulau dimaksud berdasarkan kepemilikan Sultan Sulu.
MI memutuskan untuk menerima argumentasi yang dikemukakan Filipina khususnya menyangkut syarat-syarat formal yang meliputi batas waktu penyampaian, penyampaian dokumen pendukung dan jurisdictional link.
Dengan ditolaknya permohanan intervensi itu maka sesuai prosedur, Mahkamah akan menetapkan jadwak oral hearings sengketa Pulau Sipadan – Ligitan dengan batas waktu yang ditentukan kemudian. (Bernarda Rurit)
