Pemimpin berusia 58 tahun itu dilaporkan meninggal, Rabu sekitar pukul 02.00 waktu setempat, di Aso Rock villa kepresidenan di Abuja, ibu kota Nigeria.
Ima Nioboro, juru bicara presiden mengatakan kepada wartawan di Abuja, Yar'Adua akan dimakamkan di Katsina, Kamis, menyusul tujuh hari masa berkabung nasional.
Yar'Adua kembali ke Nigeria pada Februari setelah menjalani perawatan kesehatan selama tiga bulan di Arab Saudi. Namun setelah itu tak pernah muncul di depan publik.
Selain ada gangguan di bagian jantung, almarhum juga mengalami gagal ginjal.
Sejak kesehatannya terganggu, sesuai konstitusi Nigeria, pusat kekuasaan dipegang oleh wakilnya Goodluck Jonathan.
"Nigeria kehilangan permata, bahkan langit malam bersama seluruh bangsa kita berduka," ujar Jonathan dalam pernyataannya.
Jonathan menyatakan hari berkabung nasional selama tujuh hari untuk menghormati Yar'Adua.
Hampir seluruh pejabat tinggi pemerintah mengalir ke villa kepresidenan Rabu dini hari untuk bertemu Jonathan sekaligus mengucapkan belasungkawa kepada istri Yar'Adua, Turai.
AL JAZEERA | AP | CHOIRUL