Sultan Mehmed II segera memberi perintah untuk rekonstruksi kota. Pekerjaan pertama adalah mengubah Hagia Sophia menjadi masjid. Alih-alih menghancurkan seluruh ikon Kekristenan sebelumnya, Sultan Mehmed memerintahkan dekorasi baru pada detailnya dan membuatnya tampak seperti masjid yang indah.
Ketika salat Jum'at pertama diadakan di Hagia Sophia, Mehmed II membacakan khotbahnya sendiri dan gurunya, Akshamsaddin, yang menjadi imam salat.
Mehmed mengundang arsitek dan mandor konstruksi dari Anatolia dan Balkan untuk membangun kembali seluruh kota, dari pembangunan saluran air hingga perbaikan jalan. Dia menghidupkan lembaga seni yang dia dirikan bernama "Nakkahane-i Rum" sambil mendekorasi kota. Dia mengundang seniman tidak hanya dari dunia timur tetapi juga dari Barat. Dia mengundang seniman dari semua negara, terutama Italia.
Setelah penaklukan, sultan menghabiskan sebagian besar waktunya untuk membangun Istanbul dan membangun yayasan untuk merawat Hagia Sophia.
Semua harta benda yang diperoleh sultan saat rampasan perang dihitung satu per satu dan pendapatan mereka disumbangkan ke yayasan untuk membangun banyak artefak di Istanbul, terutama Hagia Sophia.
Interior bangunan Hagia Sophia, di Istanbul, Turki, 10 Juli 2020. Banguna berusia sekitar 1.500 tahun itu termasuk dalam daftar Situs Warisan Dunia sebagai museum. Xinhua/Osman Orsal
Gempa bumi guncang Hagia Sophia
Sultan Mehmed II mencegah kehancuran Hagia Sophia dan setelah melakukan salat pertamanya, ia mengubahnya menjadi masjid. Mehmed juga memiliki madrasah yang berdampingan dengan bangunan. Dia juga memerintahkan menara pertama yang dibangun pada dua menara di selatan. Menara itu kemudian dipindahkan selama renovasi pada 1574.
Agar Hagia Sophia beroperasi sebagai masjid, Sultan Mehmed II menyumbangkan sebagian besar dari hartanya kepada yayasannya. Semua sultan Ottoman berikutnya juga berkontribusi dengan bangunan tambahan, renovasi, dan dekorasi baru, menurut Daily Sabah.
Struktur Hagia Sophia juga pernah rusak dalam gempa bumi besar di Istanbul. Empat puluh tahun setelah renovasi besar oleh Sultan Mahmud II pada 1809, bangunan harus menjalani renovasi besar lagi. Berbagai macam perbaikan dilakukan oleh arsitek Swiss Gaspare Fossati atas perintah Sultan Abdülmecid antara tahun 1847 dan 1849.
Pada gempa 1894, Hagia Sophia rusak sekali lagi. Keretakan muncul di dindingnya dan permukaan mosaik yang besar rusak ketika plester dilepaskan. Sultan Abdülhamid II memperkuat gedung dengan memperbaiki kerusakan. Kondisi bangunan diperiksa oleh arsitek Raimondo Tommaso D'Aronco dan Kemalettin Bey. Selama periode konstitusional, Henri Prost adalah di antara arsitek Barat yang memeriksa kondisi bangunan Hagia Sophia.